普通のMacOSのアップデートかと思い、やっていなかったアップデートをしてみました。それでもステーラスランプの点滅は止まらない。
ファインダー
>アプリケーション
>ユーティリティ
>AirMac ユーティリティ.appを開く
>インターネットの下のAirMac Time Capsuleの左の丸がオレンジ色に点滅している
>AirMac Time Capsuleのイラストをクリック
すると「ファームウェアのアップデート」とありました。
このファームウェアの右の「アップデート」をクリックすると、

再起動後にAirMac Time Capsule本体のランプは緑色の常時点灯に戻りました。
この設定にあたり、こちらのサイトを参考にしました。
Wi-Fi ベースステーション:点滅するオレンジ色のステータスランプの意味を理解し、問題を解決する